DEFESA DE TESE DE DOUTORADO - Anton Semenchenko

DEFESA DE TESE DE DOUTORADO

A Coordenação do Programa de Pós-Graduação Stricto Sensu em Modelagem Matemática e Computacional – PPGMMC tem o prazer de convidar a comunidade científica para a 2ª sessão pública de apresentação e defesa da Tese de Doutorado:

CANDIDATO (A): Anton Semenchenko

TÍTULO:

INSILICO PROTEIN SYNTHESIS: AGENT BASED MODEL OF AMINO ACID CHAIN FORMATION

BANCA EXAMINADORA

 

Prof. Dr. Allbens Atman Picardi Faria  (Orientador)

CEFET-MG

Prof. Dr. Guilherme Oliveira (Coorientador)

VALE TECHNOLOGY INSTITUTE

Prof. Dr. José Miguel Ortega

UFMG

Prof. Dr. Lucas Bleicher

UFMG

Prof. Dr. Breno Rodrigues Lamaghere

CEFET-MG

Prof. Dr. Leonardo dos Santos Lima

CEFET-MG

LOCAL:

Auditório do Prédio Principal do Campus II, CEFET-MG, Av. Amazonas, 7675 - Nova Gameleira

DIA:

19 de abril de 2017 – quarta-feira

HORA:

14:00 horas

RESUMO:
Este trabalho apresenta o desenvolvimento do ambiente computacional que permite estudo da síntese protéica in-sílico em conformidade com os dados experimentais observados utilizando as técnicas e ambientes da expressão de proteinas do tipo cell-free (CECF). Este sistema é baseado no modelo matemático da tradução do mRNA. As reações bioquímicas são representadas como processos estocásticos (cadeias de Markov) e integradas em ambiente de simulação baseado em agentes. O modelo é validado pela comparação dos resultados das simulações com os dados experimentais para as taxas de síntese protéica da luciferase em sistemas do tipo CECF e efeito inibidor de tradução demonstrado pelo antibiótico Edeina. O principal resultado desta pesquisa é a capacidade de predizer a taxa de produção de proteínas em função da sequência genética. Além disto, a tese apresenta as propostas concretas para a investigação dos mecanismos de formação das estruturas secundárias de polissomos. Este trabalho é a primeira integração dos processos de tradução e formação das estruturas secundárias de polissomos e a primeira aplicação de um rigoroso modelo matemático de tradução dentro de um ambiente baseado em agentes, abrindo uma nova frente de pesquisa para investigação in-silico das propriedades 3-dimensionais da formação das cadeias polipeptídicas.

PALAVRAS-CHAVE: cadeias de amino ácidos, síntese protéica, ribossomo, modelos baseados
em agentes, cadeias de Markov, simulação computacional

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